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Eficacia de la espectrometría de masas MALDI-TOF en la identificación de bacterias anaerobias

2012; Elsevier BV; Volume: 30; Issue: 10 Linguagem: Inglês

10.1016/j.eimc.2012.03.002

1695-4114

Silvia Vega-Castaño, Laura Ferreira, Magdalena González-Ávila, Fernando Sánchez‐Juanes, M. Inmaculada García-García, José Elías García‐Sánchez, José Manuel González‐Buitrago, Juan Luis Muñoz Bellido,

Streptococcal Infections and Treatments

. La espectrometría de masas (EM) MALDI-TOF se ha convertido en un recurso de referencia para la identificación de microorganismos en los servicios de microbiología clínica. No obstante, los datos relativos a algunos grupos de microorganismos son todavía controvertidos. En el presente estudio se ha determinado la fiabilidad de la EM MALDI-TOF para la identificación de aislamientos clínicos de bacterias anaerobias, en comparación con técnicas bioquímicas convencionales, y usando como referencia en caso de discrepancias las secuenciación de ARNr 16S. Se analizaron 126 aislamientos clínicos de bacterias anaerobias mediante el sistema API 20A (bioMérieux, Marcy l'Étoile, Francia) y mediante EM MALDI-TOF (Autoflex II, Bruker Daltonics, Alemania), utilizando la base de datos BioTyper 2.0 (Bruker Daltonics, Alemania). Cuando se produjeron discrepancias, o la EM MALDI-TOF no fue capaz de identificar microorganismo alguno, se usó como método de identificación de referencia la secuenciación del ARNr 16S. El método bioquímico y la EM MALDI-TOF coincidieron, a nivel de especie, en el 60,9% de los casos, y solo a nivel de género en el 20,3%. De las 48 identificaciones discrepantes, la secuenciación respaldó la identificación por EM MALDI-TOF a nivel de especie en 32 casos (66,7%), y a nivel de género en 8 (16,7%). Dicha secuenciación apoyó la identificación bioquímica a nivel de especie solamente en 2 casos (4,2%), y a nivel de género en 26 casos (54,2%). En los 8 casos en que la EM MALDI-TOF no obtuvo identificación alguna o la obtenida fue refutada a nivel de género por la secuenciación de ARNr 16S, la especie a la que correspondía en realidad el microorganismo no se encontraba incorporada a la base de datos BioTyper II. Los datos obtenidos en este estudio demuestran que, en conjunto, la espectrometría de masas ofrece una identificación de bacterias anaerobias más fiable que la identificación bioquímica convencional (un 24% más de identificaciones correctas a nivel de especie), con un número de errores mayores (identificación incorrecta a nivel de género) 2,5 veces inferior. Puesto que todas las identificaciones fallidas a nivel de género derivaron de la no incorporación de varias especies a la base de datos, a medida que esta base de datos se vaya completando, las diferencias probablemente se incrementarán. MALDI-TOF mass spectrometry (MS) is becoming a major resource in the Clinical Microbiology laboratory. Results on some groups of microorganisms are still controversial. We have studied the reliability of MALDI-TOF MS for the identification of anaerobic clinical isolates was studied compared to conventional biochemical methods, with rRNA 16S sequencing being used as a reference when discrepancies arose. A total of 126 anaerobic bacteria clinical isolates were studied by using API20A kits (bioMérieux, Marcy l'Étoile, France) and MALDI-TOF MS (Autoflex II, Bruker Daltonics, Germany), and using the data library BioTyper 2.0 (Bruker Daltonics, Germany). When discrepancies arose, or MALDI-TOF MS was not able to identify any microorganism, rRNA 16S sequencing was used as the reference standard. The biochemical method and MALDI-TOF MS agreed in identifying 60.9% of isolates at species level, and 20.3% of isolates at genus level. Among the 48 discrepancies observed, rRNA 16S sequencing supported MALDI-TOF MS identification, at species level, in 32 isolates (66.7%), and in 8 isolates (16.7%) at genus level. rRNA 16S sequencing supported biochemical identification in only two isolates (4.2%) at species level, and in 26 isolates (54.2%) at genus level. The eight isolates for which MALDI-TOF MS did not manage to identify, or the identification obtained was rejected by sequencing, belonged to species that are still not added to the BioTyper II data library. Results obtained in this study show that, overall, MALDI-TOF MS identification of anaerobic bacteria is more reliable than identification obtained by conventional biochemical methods (24% more correct identifications at species level). The number of major errors (incorrect identification at the genus level) is also 2.5-times lower. Moreover, all the major errors obtained by MALDI-TOF MS were due to the absence of some species in the data library. Thus, when data libraries are more complete, reliability differences between both methods will probably be even higher.