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Teoría de unión al HLA clase II: teoría de probabilidad, combinatoria y entropía aplicadas a secuencias peptídicas

2008; Elsevier BV; Volume: 27; Issue: 4 Linguagem: Espanhol

10.1016/s0213-9626(08)70064-7

2173-9145

Javier Rodríguez,

Monoclonal and Polyclonal Antibodies Research

La presentación de péptidos antigénicos por las moléculas de histocompatibilidad a los receptores T es fundamental en la especificidad y la variabilidad de la defensa por parte del sistema inmune, por lo tanto un entendimiento físico y matemático de este fenómeno es de vital importancia para el diseño de vacunas. Se calcularon valores de probabilidad, combinatoria y entropía de 100 secuencias específicas de péptidos teóricos, promiscuos, sintéticos y naturales que se unen a moléculas de HLA clase II y 61 péptidos que no se unen. Estos valores se usaron para diferenciar los péptidos seleccionados y desarrollar una caracterización física y matemática, objetiva y reproducible para el fenómeno de unión. Se desarrolló una predicción teórica del conjunto apropiado de secuencias que debe tener un péptido para que sea presentado por la molécula de HLA clase II, acertando en todos los casos. La teoría desarrollada facilita el proceso de selección The antigenic peptide presentation by the histocompatibility molecules to the T receptors is fundamental in the specificity and variability of the host defense by the immune system, therefore a physical and mathematical understanding of this phenomenon is of vital importance for the design of vaccines. Values of probability, combinatory and entropy from 100 specific sequences of theoretical, promiscuous, synthetic and natural peptides that bind to HLA class II molecules, as well as 61 peptides that do not bind were calculated. These values were used to differentiate the selected peptides and to develop an objective and reproducible physical and mathematical characterization of the binding phenomena. A theoretical prediction of the appropriate group of sequences that a peptide should have so that it is presented by the HLA class II molecule was developed, hitting all the cases. The developed theory facilitates the process of peptide selection required in the design of synthetic or natural vaccines.