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ORESTES are enriched in rare exon usage variants affecting the encoded proteins

2003; Elsevier BV; Volume: 326; Issue: 10-11 Linguagem: Francês

10.1016/j.crvi.2003.09.027

1768-3238

Noboru J. Sakabe, Jorge Estefano Santana de Souza, Pedro A. F. Galante, Paulo Sérgio Lopes de Oliveira, Fábio Passetti, Helena Brentani, Elisson C. Osório, André C. Zaiats, Maarten Leerkes, João Paulo Kitajima, Helena Brentani, Robert L. Strausberg, Andrew J.G. Simpson, Sandro J. de Souza,

RNA Research and Splicing

A significant fraction of the variability found in the human transcriptome is due to alternative splicing, including alternative exon usage (AEU), intron retention and use of cryptic splice sites. We present a comparison of a large-scale analysis of AEU in the human transcriptome through genome mapping of Open Reading Frame ESTs (ORESTES) and conventional ESTs. It is shown here that ORESTES probe low abundant messages more efficiently. In addition, most of the variants detected by ORESTES affect the structure of the corresponding proteins. To cite this article: N.J. Sakabe et al., C. R. Biologies 326 (2003). Une fraction significative de la variabilité du transcriptome humain observée est due au splicing alternatif, incluant l'utilisation alternative d'exon, la rétention d'intron et l'usage de sites cryptiques de splicing. Nous présentons une analyse à grande échelle de l'utilisation alternative d'exon dans le transcriptome humain, par le biais de la cartographie génomique d'étiquettes d'ADNc conventionnelles ou de phases ouvertes de lectures (ORESTES). Il est montré que les étiquettes ORESTES représentent plus efficacement les ARN messagers de faible abondance. De plus, la plupart des variants détectés à l'aide des étiquettes ORESTES affectent la structure des protéines correspondantes. Pour citer cet article : N.J. Sakabe et al., C. R. Biologies 326 (2003).