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Sequence changes of infectious bronchitis virus isolates in the 3′ 7.3 kb of the genome after attenuating passage in embryonated eggs

2007; Taylor & Francis; Volume: 36; Issue: 1 Linguagem: Francês

10.1080/03079450601110015

1465-3338

Yuan-Pin Huang, Ching‐Ho Wang,

Viral gastroenteritis research and epidemiology

Attenuated infectious bronchitis virus (IBV) vaccines are available but the relationship between sequence and virulence is not clear. In this study, the sequences of the 3′ 7.3 kb of the genome, amplified using reverse transcription-polymerase chain reaction before and after attenuation, were compared to study the relationship between virulence and the sequences of three IBV strains. After attenuation, two to six amino acid substitutions were found in the spike 1 subunit, and two or three amino acid substitutions were found in the spike 2 subunit. None or one amino acid substitution was found in the small membrane protein, and one or three amino acid substitutions were found in the membrane protein. However, no amino acid substitution was found in the nucleocapsid (N) protein, indicating that the N protein might not be related to this attenuation. The 3′ untranslated region after the N gene of one strain was partially deleted after attenuation, and might be correlated with virulence. This study is the first demonstration for IBV comparing sequence changes in the 3′ 7.3 kb genome after attenuation. The aforementioned information on amino acid changes might be useful in future virulence studies. Modifications de la séquence des souches de virus de la bronchite infectieuse aviaire, au niveau des 7.3 kb situés en 3′ du génome, après atténuation par passage sur œufs embryonnés Des vaccins de la bronchite infectieuse aviaire à virus atténués (IBV) sont disponibles mais la relation entre la séquence et la virulence n'est pas claire. Dans cette étude, au niveau 3′ du génome, les séquences de 7.3 kb ont été amplifiées par les réactions de transcription inverse et de polymérisation en chaîne (RT-PCR) avant et après l'atténuation, puis elles ont été comparées pour étudier les relations entre la virulence et les séquences de trois souches d'IBV. Après l'atténuation, il a été observé la substitution de deux à six acides aminés au niveau de la sous-unité du spicule 1 (S1), et de deux ou trois acides aminés au niveau de la sous-unité S2. Il a été observé aucune substitution ou la substitution d'un acide aminé au niveau de la petite protéine de membrane. Il a également été observé, la substitution de un ou trois acides aminés au niveau de la protéine de membrane. Cependant, aucune substitution d'acide aminé n'a été trouvé au niveau de la protéine de la nucléocapside (N), indiquant que la protéine N ne devait pas être concernée par cette atténuation. La région 3′ non traduite (UTR) après le gène N d'une souche a été partiellement délétée après l'atténuation, ce qui pourrait être corrélée à la virulence. Cette étude est la première démonstration pour les IBV des modifications de la séquence de 7.3 kb au niveau 3′ du génome après atténuation. L'information ci-dessus mentionnée sur les changements en acides aminés peut être utile pour les études ultérieures sur la virulence. Sequenzänderungen in den 3′ 7.3 kb des Genoms bei Isolaten des infektiöse Bronchitisvirus nach Attenuierungspassagen in embryonierten Eiern Vakzine mit attenuiertem infektiösem Bronchitisvirus (IBV) stehen zur Verfügung, aber die Beziehung zwischen der Sequenz und der Virulenz des Virus ist nicht klar. In dieser Studie wurden die vor und nach der Attenuierung mittels Reverser Transkriptase-Polymerasekettenreaktion (RT-PCR) amplifizierten 3′ 7.3 kb des Genoms verglichen, um die Beziehung zwischen Virulenz und den Sequenzen von drei IBV-Stämmen zu untersuchen. Nach der Attenuierung wurden in der Spike 1 (S1)-Untereinheit zwei bis sechs Aminosäuresubstitutionen und in der S2-Untereinheit zwei bis drei Aminosäuresubstitutionen festgestellt. Kein oder nur ein Aminosäurenaustausch wurde im kleinen Membranprotein und eine oder drei Aminosäuresubstitutionen wurden im Membranprotein gefunden. Im Nukleokapsid (N)-Protein wurde jedoch keine Aminosäuresubstitution ermittelt, was darauf hinweist, dass das N-Protein nicht in die Attenuierung involviert ist. Die nicht translatierte 3′-Region (UTR) nach dem N-Gen war bei einem Stamm nach der Attenuierung teilweise deletiert und kann mit der Virulenz in Beziehung stehen. Diese Studie ist die erste vergleichende Darstellung von IBV-Sequenzänderungen im 3′ 7.3 kb-Genom nach Attenuierung. Die genannten Informationen über Aminosäurenveränderungen können in weiteren Virulenzstudien hilfreich sein. Cambios en la secuencia de 3,7 Kb de la región 3′ del genoma de virus de bronquitis infecciosa aviar tras pases de atenuación en huevos embrionados Las vacunas atenuadas del virus de bronquitis infecciosa aviar (IBV) están disponibles pero la relación entre secuencia y virulencia no está clara. En este estudio, se amplificaron 3,7 kb de la región 3′ del genoma mediante transcripción reversa y reacción en cadena de la polimerasa (RT-PCR) antes y después de la atenuación, y se compararon las secuencias para estudiar la relación entre virulencia y las secuencias de tres cepas de IBV. Tras la atenuación, se observaron entre 2 y 6 sustituciones aminoacídicas en la subunidad 1 de la espícula (S1), y 2 o tres en la subunidad 2. Se observaron una o ninguna sustitución aminoacídica en la proteína pequeña de la membrana, y entre una y tres en la proteína de la membrana. Sin embargo, no se observaron sustituciones aminoacídicas en la proteína de la nucleocápside (N), lo cual sugiere que esta proteína podría no estar relacionada con la atenuación. La región no codificante 3′ (UTR), que se encuentra tras el gen N, de una cepa estaba parcialmente delecionada tras la atenuación, y podría correlacionarse con la virulencia. Este es el primer estudio en IBV que compara los cambios en la secuencia de la región 3′ de 7.3 kb del genoma tras la atenuación. La información descrita anteriormente de cambios aminoacídicos podría ser útil en estudios futuros de virulencia.