Produção Nacional
Revisado por pares
Análise dos coeficientes de endogamia e de parentesco para qualquer nível de ploidia usando o pacote estatístico R
2009; INSTITUTO AGRONÔMICO DE CAMPINAS; Volume: 68; Issue: 4 Linguagem: Português
10.1590/s0006-87052009000400004
ISSN1678-4499
AutoresLuíz Alexandre Peternelli, Fábio Medeiros Ferreira, Rodrigo Barros Rocha, Willian Silva Barros, Márcio Henrique Pereira Barbosa,
Tópico(s)Genetic diversity and population structure
ResumoSão poucos os softwares disponíveis para a análise de parentesco e, até a presente data, nenhum pode realizar a análise de parentesco para organismos poliplóides, com número par (2k) de cromossomos. Implementou-se junto ao programa R uma rotina capaz de executar a análise de parentesco para qualquer nível 2k de ploidia, número de indivíduos (ou populações) e número de gerações envolvidas na árvore genealógica. A função principal, calc.rxy() calcula o coeficiente de endogamia (F X) de cada indivíduo; coeficientes de parentesco (rXY) entre dois indivíduos quaisquer; e coeficiente de parentesco médio, variância, mínimo e máximo, para cada indivíduo. Ela pode mostrar a matriz completa de parentesco ou uma submatriz pré-definida de indivíduos selecionados. Adicionalmente, foram incluidas funções que servem para identificar erros de redundância dos dados originais (checar.nomes()) e para identificar os pares de indivíduos com rXY superior a certo limite especificado pelo pesquisador (corte.rxy()). Essas funções podem ser usadas na análise de pedigrees com um número elevado de indivíduos e poderão ser utilizadas pela comunidade científica livremente, sem restrições à plataforma operacional utilizada. Destaca-se a vantagem em se poder trabalhar com qualquer nível 2k de ploidia, mesmo quando existe a possibilidade de certo indivíduo ser oriundo de autofecundação, aspecto comum em várias espécies vegetais.
Referência(s)