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Universal fungus‐specific primer systems and group‐specific hybridization oligonucleotides for 18S rDNA

1996; Wiley; Volume: 39; Issue: 1-2 Linguagem: Inglês

10.1111/j.1439-0507.1996.tb00079.x

1439-0507

R. Kappe, Christina Fauser, C. N. Okeke, Matthias Maiwald,

Plant Pathogens and Fungal Diseases

Summary. We designed two primer systems that amplify a fragment of the gene coding for the small ribosomal subunit (18S rRNA). A broadly reactive, yet fungus‐specific, primer cocktail comprises two previously published primers, TR1 and TR2, which specifically amplify dermatophytes, and two newly designed primers, CA1 and AF2, which specifically amplify Candida and Aspergillus respectively. This primer cocktail amplifies a DNA fragment of approximately 578 basepairs (bp) in length (from position 838 to 1415), which contains variable, possibly species‐specific regions (V5, partly V7). Another newly designed primer, UF1 (universal fungal primer 1), along with the eukaryotic primer S3 amplifies a 926‐bp fragment (from position 263 to 1188) that includes the variable regions V3, V4 and V5. Both primer systems amplified DNA from Saccharomyces cerevisiae, Candida albicans, Cryptococcus neoformans, Aspergillus fumigatus, Penicillium marneffei, Fusarium oxysporum and Trichophyton mentagrophytes , but not the DNA from Prototheca zopfii, Escherichia coli or humans. The previously published oligonucleotides TR and HC, which are specific for dermatophytes and Histoplasma respectively, and the newly designed group‐specific oligonucleotides, CA and AF, hybridized with T. mentagrophytes, Histoplasma capsulatum, C. albicans and A. fumigatus respectively, but not with the other six fungi or with the three controls. Zusammenfassung. Es wurden zwei Primersysteme entworfen, die beide ein Bruchstück des Gens, das für die kleine ribosomale Untereinheit (18S rRNA) kodiert, amplifizieren. Ein breit reaktiver, jedoch pilzspezifischer Primer‐Cocktail besteht aus zwei früher publizierten Primern TR1 und TR2, die spezifisch Dermatophyten amplifizieren, und zwei neu entworfenen Primern CA1 and AF2, die spezifisch Candida bzw. Aspergillus amplifizieren. Dieser Primer‐Cocktail amplifiziert ein DNA‐Bruchstück von ca. 578 Basenpaaren (bp) Länge (von Position 838 bis 1415), das variable, möglicherweise spezies‐spezifische Regionen enthält (V5, teilweise V7). Der neu entworlene Primer UF1 (universeller Pilzprimer 1) amplifiziert zusammen mit dem eukaryontischen Primer S3 ein 926 bp‐Bruchstück (von Position 263 bis 1188), das die variablen Regionen V3, V4 und V5 einschließt. Beide Primer‐Systeme amplifizierten DNA von Saccharomyces cerevisiae, Candida albicans, Cryptococcus neoformans, Aspergillus fumigatus, Penicillium marneffei, Fusarium oxysporum, Trichophyton mentagrophytes , nicht jedoch die DNA von Prototheca zopfii, Escherichia coli und Mensch. Die früher publizierten Oligonukleotide TR und HC, die spezifisch für Dermatophyten bzw. Histoplasma sind, und die neu entworfenen gruppen‐spezifischen Oligonukleotide CA und AF, hybridisierten mit T. mentagrophytes, Histoplasma capsulatum, C. albicans , bzw. A. fumigatus , jedoch weder mit den jeweils anderen sechs Pilzen noch mit den drei Kontrollen.