Metal‐Binding Domains in Nucleic Acid‐Binding and Gene‐Regulatory Proteins
1989; Wiley; Linguagem: Inglês
10.1002/9780470166383.ch3
ISSN1934-483X
Autores Tópico(s)Biochemical and Molecular Research
ResumoMetal-Binding Domains in Nucleic Acid-Binding and Gene-Regulatory Proteins Jeremy M. Berg, Jeremy M. Berg Department of Chemistry, The Johns Hopkins University, Baltimore, MDSearch for more papers by this author Jeremy M. Berg, Jeremy M. Berg Department of Chemistry, The Johns Hopkins University, Baltimore, MDSearch for more papers by this author Book Editor(s):Stephen J. Lippard, Stephen J. Lippard Department of Chemistry, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, MassachusettsSearch for more papers by this author First published: 01 January 1989 https://doi.org/10.1002/9780470166383.ch3Citations: 25Book Series:Progress in Inorganic Chemistry AboutPDFPDF ToolsRequest permissionExport citationAdd to favoritesTrack citation ShareShareShare a linkShare onEmailFacebookTwitterLinkedInRedditWechat Summary This chapter contains sections titled: Introduction Transcription Factor IIIA and the Zinc Finger Proteins The Gal4 Family The Steroid Receptor Superfamily Retroviral Core Nucleic Acid Binding Proteins The Helix-Destabilizing Protein from Bacteriophage The Adenovirus E1A Proteins The Transactivating Protein from Human Immunodeficiency Virus Structural Roles for Metal-Binding Domains Possible Regulatory Roles for Metal Ions in these Systems References J. Miller, A. D. McLachlan, and A. Klug, EMBO J., 4, 1609 (1985). R. S. Brown, C. Sander, and P. Argos, FEBS Lett., 186, 271 (1985). A. M. Ginsberg, O. B. King, and R. G. Roeder, Cell, 39, 479 (1984). J. S. Hanas, D. J. Hazuda, D. F. Bogenhagen, F. Y.-H. Wu, and C.-W. Wu, J. Biol. Chem., 258, 14120 (1983). J. M. Berg, Nature (London), 319, 264 (1986). A. Vincent, Nucleic Acids Res., 14, 4385 (1986). E. Wingender and K. H. Seifart, Angew. Chem. Int. Ed. Engl., 26, 218 (1987). A. Klug and D. Rhodes, Trends Biochem. Sci., 12, 464 (1987). A. Klug and D. Rhodes, Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol., 52, 473 (1987). R. M. Evans and S. M. Holenberg, Cell, 52, 1 (1988). H. R. B. Pelham and D. D. Brown, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 77, 4170 (1980). D. R. Engelke, S. Y. Ng, B. S. Shastry, and R. G. Roeder, Cell, 19, 717 (1980). S. Sakonju, D. F. Bogenhagen, and D. D. Brown, Cell, 19, 13 (1980). D. F. Bogenhagen, S. Sakonju, and D. D. Brown, Cell, 19, 27 (1980). D. R. Setzer and D. D. Brown, J. Biol. Chem., 260, 2483 (1985). B. Picard and M. Wegnez, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 76, 214 (1979). J. J. Bieker and R. G. Roeder, J. Biol. Chem., 259, 6158 (1984). D. R. Smith, I. J. Jackson, and D. D. Brown, Cell, 37, 645 (1984). G. P. Diakun, L. Fairall, and A. Klug, Nature (London), 324, 698 (1986). J. Y. Tso, D. J. Van Den Berg, and L. J. Korn, Nucleic Acids Res., 14, 2187 (1986). W. Gilbert, Nature (London), 271, 501 (1978). T. D. Tullius, B. A. Dombroski, M. E. A. Churchill, and L. Kam, Methods Enz., 155, 537 (1987). K. E. Vrana, M. E. A. Churchill, T. D. Tullius, and D. D. Brown, Mol. Cell. Biol., 8, 1684 (1988). A. D. Frankel, J. M. Berg, and C. O. Pabo, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 84, 4841 (1987). A. Ruizi Altaba, H. Perry-O'Keefe, and D. A. Melton, EMBO J., 6, 3065 (1987). U. B. Rosenberg, C. Schröder, A. Preiss, A. Kienlin, S. Cǒté, I. Riede, and H. Jäckle, Nature (London), 319, 336 (1986). A. Vincent, H. V. Colot, and M. Rosbash, J. Mol. Biol., 186, 149 (1985). D. Tautz, R. Lehmann, H. Schnürch, R. Schuh, E. Seifert, A. Kienlin, K. Jones, and H. Jäckle, Nature (London), 327, 383 (1987). J. L. Boulay, C. Dennefeld, and A. Alberga, Nature (London), 330, 395 (1987). R. M. Baldarelli, P. A. Mahoney, F. Salas, E. Gustavson, P. D. Boyer, M.-F. Chang, M. Roark, and J. A. Lengyel, Dev. Biol., 125, 85 (1988). R. Schuh, W. Aicher, U. Gaul, S. Cǒté, A. Preiss, D. Maier, E. Seifert, U. Nauber, C. Schröder, R. Kemler, and H. Jäckle, Cell, 47, 1025 (1986). T. A. Hartshorne, H. Blumberg, and E. T. Young, Nature (London), 320, 283 (1986). K. Nagai, Y. Nakaseko, K. Nasmyth, and D. Rhodes, Nature (London), 332, 284 (1988). J. Milbrandt, Science, 238, 797 (1987). V. P. Sukhatme, X. Cao, L. C. Chang, C.-H. Tsai-Morris, D. Stamenkovich, P. C. P. Ferreira, D. R. Cohen, S. A. Edwards, T. B. Shows, T. Curran, M. M. Le Beau, and E. D. Adamson, Cell, 53, 37 (1988). K. Chowdhury, U. Deutsch, and P. Gruss, Cell, 48, 771 (1987). N. B. Murphy, A. Pays, P. Tababi, H. Coquelet, M. Guyaux, M. Steinert, and E. Pays, J. Mol. Biol., 195, 855 (1987). E. Pays and N. B. Murphy, J. Mol. Biol., 197, 147 (1987). J. T. Kadonaga, K. R. Carner, F. R. Masiarz, and R. Tjian, Cell, 51, 1079 (1987). D. C. Page, R. Mosher, E. M. Simpson, E. M. C. Fisher, G. Mardon, J. Pollack, B. McGillivray, A. de la Chapelle, and L. G. Brown, Cell, 51, 1091 (1987). K. W. Kinzler, J. M. Ruppert, S. H. Bigner, and B. Vogelstein, Nature (London), 332, 371 (1988). E. T. Adman, L. C. Sieker, and L. H. Jensen, J. Biol. Chem., 248, 3987 (1973). N. Redemann, U. Gaul, and H. Jäckle, Nature (London), 332, 90 (1988). H. Blumberg, A. Eisen, A. Sledziewski, D. Bader, and E. T. Young, Nature (London), 328, 443 (1987). F. C. Bernstein, T. F. Koetzle, G. J. B. Williams, E. F. Meyer, Jr., M. D. Brice, J. R. Rodgers, O. Kennard, T. Shimanouchi, and M. Tasumi, J. Mol. Biol., 112, 535 (1977). J. M. Berg, Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol., 52, 579 (1987). J. M. Berg, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 85, 99 (1988). R. B. Honzatko, J. L. Crawford, H. L. Monaco, J. E. Ladner, B. F. P. Ewards, D. R. Evans, S. G. Warren, D. C. Wiley, R. C. Ladner, and W. N. Lipscomb, J. Mol. Biol., 160, 219 (1982). E. Adman, K. D. Watenpaugh, and L. H. Jensen, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 72, 4854 (1975). B. W. Mattews, L. H. Weaver, and W. R. Kester, J. Biol. Chem., 249, 8030 (1974). J. M. Berg, manuscript in preparation. J. M. Berg and co-workers, research in progress. G. Párraga, S. Horvath, A. Eisen, W. Taylor, L. Hood, E. T. Young, and R. E. Klevit, J. Cell. Biochem., 12D, 144 (1988). L. Fairall, D. Rhodes, and A. Klug, J. Mol. Biol., 192, 577 (1986). J. M. Berg, unpublished results. D. Rhodes and A. Klug, Cell, 46, 123 (1986). T. St. John and R. Davis, J. Mol. Biol., 152, 285 (1981). E. Giniger, S. M. Varnum, and M. Ptashne, Cell, 40, 767 (1985). A. Laughon and R. Gesteland, Mol. Cell Biol., 4, 260 (1984). L. Keegan, G. Gill, and M. Ptashne, Science, 231, 699 (1986). M. Johnston and J. Dover, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 84, 2401 (1987). M. Johnston, Nature (London), 328, 353 (1987). J. M. Salmeron, Jr., and S. A., Johnston, Nucleic Acids Res., 14, 7767 (1986). B. Kammerer, A. Guyonvarch, and J. C. Hubert, J. Mol. Biol., 180, 239 (1984). F. Messenguy, E. Dubois, and F. Descamps, Eur. J. Biochem., 157, 77 (1986). J. A. Baum, R. Geever, and N. H. Giles, Mol. Cell. Biol., 7, 1256 (1987). R. K. Beri, H. Whittington, C. F. Roberts, and A. R. Howkins, Nucleic Acids Res., 15, 7991 (1987). K. S. Hagen and R. H. Holm, Inorg. Chem., 23, 418 (1984). A. D. Watson, Ch. P. Rao, J. R. Dorfman, and R. H. Holm, Inorg. Chem., 24, 2820 (1985). G. Henkel, W. Tremel, and B. Krebs, Angew. Chem. Int. Ed. Engl., 22, 319 (1983). W. Tremel, B. Krebs, and G. Henkel, Angew. Chem. Int. Ed. Engl., 23, 634 (1984). K. R. Yamamoto, Ann. Rev. Genet., 19, 209 (1985). G. Shyamala, Biochem. Biophys. Res. Commun., 64, 408 (1975). P. H. Lohmar and D. O. Toft, Biochem. Biophys. Res. Commun., 67, 8 (1975). S. M. Hollenberg, C. Weinberger, E. S. Ong, G. Cerelli, A. Oro, R. Lebo, E. B. Thompson, M. G. Rosenfeld, and R. M. Evans, Nature (London), 318, 635 (1985). C. Weinberger, S. M. Hollenberg, M. G. Rosenfeld, and R. M. Evans, Nature (London), 318, 670 (1985). S. Green, P. Walter, V. Kumar, A. Krust, J.-M. Bornert, P. Argos, and P. Chambon, Nature (London), 320, 132 (1986). G. L. Greene, P. Gilna, M. Waterfield, A. Baker, Y. Hort, and J. Shine, Science, 231, 1150 (1986). A. Krust, S. Green, P. Argos, V. Kumar, P. Walter, J.-M. Bornert, and P. Chambon, EMBO J., 5, 891 (1986). H. Loosfelt, M. Atger, M. Misrahi, A. Guiochon-Mantel, C. Meriel, F. Logeat, R. Benarous, and E. Milgrom, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 83, 9045 (1986). O. M. Conneely, W. P. Sullivan, D. O. Toft, M. Birnbaumer, R. G. Cook, B. L. Maxwell, T. Zarucki-Schulz, G. L. Greene, W. T. Schrader, and B. W. O'Malley, Science, 233, 767 (1986). M. Misrachim et al., Biochem. Biophys. Res. Commun., 143, 740 (1987). D. P. McDonnell, D. J. Mangelsdorf, J. W. Pike, M. R. Haussler, and B. W. O'Malley, Science, 235, 1214 (1987). J. Sap, A. Muñoz, K. Damm, Y. Goldberg, J. Ghysdael, A. Leutz, H. Beug, B. Vennström, Nature (London), 324, 635 (1986). C. Weinberger, C. C. Thompson, E. S. Ong, R. Lebo, D. J. Gruol, and R. M. Evans, Nature (London), 324, 641 (1986). D. Benbrook and M. Pfahl, Science, 238, 788 (1987). J. L. Arriza, C. Weinberger, G. Cerelli, T. M. Glaser, B. L. Handelin, D. E. Housman, and R. M. Evans, Science, 237, 268 (1987). M. Petkovich, N. J. Brand, A. Krust, and P. Chambon, Nature (London), 330, 444 (1987). V. Giguére, E. S. Ong, P. Segui, and R. M. Evans, Nature (London), 330, 624 (1987). N. Brand, M. Petkovich, A. Krust, P. Chambon, H. de Thé, A. Marchio, P. Tiollais, and A. Dejean, Nature (London), 332, 850 (1988). V. Giguére, N. Yang, P. Segui, and R. M. Evans, Nature (London), 331, 91 (1988). V. Giguére, S. M. Hollenberg, M. G. Rosenfeld, and R. M. Evans, Cell, 46, 645 (1986). J. Carlstedt-Duke, P.-E. Strömstedt, O. Wrange, T. Bergamn, J.-A. Gustafsson, and H. Jörnvall, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 84, 4437 (1987). S. Green and P. Chambon, Nature (London), 325, 75 (1987). M. Sabbah, G. Redeuilh, C. Secco, and E.-E. Baulieu, J. Biol. Chem., 262, 8631 (1987). G. Redeuilh, B. Montcharmont, C. Secco, and E.-E. Baulieu, J. Biol. Chem., 262, 6969 (1987). C. S. Huckaby, O. M. Conneely, W. G. Beattie, A. D. W. Dobson, M.-J. Tsai, and B. W. O'Malley, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 84, 8380 (1987). T. Costa, J. R. Dorfman, K. S. Hagen, and R. H. Holm, Inorg. Chem., 22, 4091 (1983). K. S. Hagen, J. M. Berg, and R. H. Holm, Inorg. Chim. Acta, 45, L17 (1980). I. G. Dance, J. Am. Chem. Soc, 101, 6264 (1979). J. L. Hencher, M. Khan, F. F. Said, and D. G. Tuck, Inorg. Nucl. Chem. Lett., 17, 287 (1981). K. S. Hagen and R. H. Holm, Inorg. Chem., 22, 3170 (1983). J. M. Berg, Science, 232, 485 (1986). M. Seiki, S. Hattori, Y. Hirayama, and M. Yoshida, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 80, 3618 (1983). K. Shimotohno, Y. Takahashi, N. Shimizu, T. Gojobori, D. W. Golde, I. S. Y. Chen, M. Miwa, and T. Sugimura, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 82, 3101 (1985). L. Ratner, W. Haseltine, R. Patarca, K. J. Livak, B. Starcich, S. F. Josephs, E. R. Doran, J. A. Rafalski, E. A. Whitehorn, K. Baumeister, L. Ivanoff, S. R. Petteway, Jr., M. L. Pearson, J. A. Lautenberger, T. S. Papas, J. Ghrayeb, N. T. Chang, R. C. Gallo, and F. Wong-Staal, Nature (London), 313, 277 (1985). P. Sonigo, M. Alizon, K. Staskus, D. Klatzmann, S. Cole, O. Danos, E. Retzel, P. Tiollais, A. Haase, and S. Wain-Hobson, Cell, 42, 369 (1985). R. M. Stephens, J. W. Casey, and N. R. Rice, Science, 231, 589 (1986). M. D. Power, P. A. Marx, M. L. Bryant, M. B. Gardner, P. J. Barr, and P. A. Luciw, Science, 231, 1567 (1986). P. Sonigo, C. Barker, E. Hunter, and S. Wain-Hobson, Cell, 45, 375 (1986). M. Ono, T. Yasunaga, T. Miyata, and H. Ushikubo, J. Virol., 60, 589 (1986). T. D. Copeland, M. A. Morgan, and S. Oroszlan, FEBS Lett., 156, 37 (1983). D. E. Schwartz, R. Tizard, and W. Gilbert, Cell, 32, 853 (1983). K. S. Misono, F. S. Sharief, and J. Leis, Fed. Proc. Fed. Am. Soc. Exp. Biol, 39, 1611 (1980). M. Ono, H. Toh, T. Miyata, and T. Awaya, J. Virol., 55, 387 (1985). W. Herr, J. Virol., 49, 471 (1984). L. E. Henderson, T. D. Copeland, R. C. Sowder, G. W. Smythers, and S. Oroszlan, J. Biol. Chem., 256, 8400 (1981). T. M. Shinnick, R. A. Lerner, and J. G. Sutcliffe, Nature (London), 293, 543 (1981). C. van Beveran, F. van Straaten, J. A. Galleshaw, and I. M. Verma, Cell, 27, 97 (1981). T.-A. Tamura, J. Virol., 47, 137 (1983). T. D. Copeland, M. A. Morgan, and S. Oroszlan, Virology, 133, 137 (1984). S. M. Mount and G. M. Rubin, Mol. Cell. Biol., 5, 1630 (1985). A. Franck, H. Guilley, G. Jonard, and K. Richards, Cell, 21, 285 (1980). S. N. Covey, Nucleic Acids Res., 14, 623 (1986). R. Hull, J. Sadler, and M. Longstaff, EMBO J., 5, 3083 (1986). D. P. Bolognesi, R. Luftig, and J. H. Shaper, Virology, 56, 549 (1973). J. Davis, M. Scherer, W. P. Tsai, and C. Long, J. Virol., 18, 709 (1976). M. Schulein, W. N. Burnette, and J. T. August, J. Virol., 26, 54 (1978). B. J. Smith and J. M. Bailey, Nucleic Acids Res., 7, 2055 (1979). K. W. Sykora and K. Moelling, J. Gen. Virol., 55, 379 (1981). J. Leis and Jentoft, J. Virol., 48, 361 (1983). J.-L. Darlix and P.-F. Spahr, J. Mol. Biol., 160, 147 (1982). C. Méric, J.-L. Darlix, and P.-F. Spahr, J. Mol. Biol., 173, 531 (1984). P. Schwartzberg, J. Colicelli, M. L. Gordon, and S. P. Goff, J. Virol., 49, 918 (1984). S. L. Voynow and J. M. Coffin, J. Virol., 55, 79 (1985). C. Méric and P.-F. Spahr, J. Virol., 60, 450 (1986). J. S. Hanas, D. J. Hazuda, and C.-W. Wu, J. Biol. Chem., 260, 13316 (1985). J. E. Coleman and J. S. Oakley, CRC Crit. Rev. Biochem., 7, 247 (1980). K. R. Williams, M. B. LoPresti, and M. Setoguchi, J. Biol. Chem., 256, 1754 (1981). D. P. Giedroc, K. M. Keating, K. R. Williams, W. Konigsberg, and J. E. Coleman, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 83, 8452 (1986). D. P. Giedroc, K. M. Keating, K. R. Williams, and J. E. Coleman, Biochemistry, 26, 5251 (1987). D. T. Corwin, Jr., E. S. Gruff, and S. A. Koch, Inorg. Chim. Acta, 151, 5 (1988). P. R. Kinchington, G. Inchauspe, J. H. Subek-Sharpe, F. Robey, J. Hay, and W. T. Ruyechan, J. Virol., 62, 802 (1988). P. Gauss, K. B. Krassa, D. S. McPheeters, M. A. Nelson, and L. Gold, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 84, 8515 (1987). A. J. Berk and P. A. Sharp, Cell, 14, 695 (1978). M. Perricaudet, G. Akusjärvi, A. Virtanen, and U. Pettersson, Nature (London), 281, 694 (1979). A. J. Berk, Ann. Rev. Genet., 20, 45 (1986). E. Moran and M. B. Mathews, Cell, 48, 177 (1987). L. R. Carlock and N. C. Jones, J. Virol., 40, 657 (1981). C. Montell, E. F. Fisher, M. H. Caruthers, and A. J. Berk, Nature (London), 295, 380 (1982). T. Leff, R. Elkaim, C. R. Goding, P. Jalinot, P. Sassone-Corsi, M. Perricaudet, C. Kédinger, and P. Chambon, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81, 4381 (1984). K. P. Haley, J. Overhauser, L. E. Babiss, H. S. Ginsberg, and N. Jones, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81, 5734 (1984). C. Montell, G. Courtois, C. Eng, and A. Berk, Cell, 36, 951 (1984). G. Winberg and T. Shenk, EMBO J., 3, 1907 (1985). R. A. Guilfoyle, W. P. Osheroff, and M. Rossini, EMBO J., 4, 707 (1985). J. W. Lillie, M. Green, and M. R. Green, Cell, 46, 1043 (1986). J. W. Lillie, P. M. Loewenstein, M. R. Green, and M. Green, Cell, 50, 1091 (1987). B. Ferguson, B. Krippl, O. Andrisani, N. Jones, H. Westphal, and M. Rosenberg, Mol. Cell. Biol., 5, 2653 (1985). R. Dijkema, B. M. M. Dekker, and H. Van Ormondt, Gene, 9, 141 (1980). H. Sugisaki, K. Sugimoto, M. Takanami, K. Shiroki, I. Saito, H. Shimojo, Y. Sawada, Y. Uemizu, S. Uesugi, and K. Fujinaga, Cell, 20, 777 (1980). M. E. Nelbach, V. P. Pigiet, Jr., J. C. Gerhart, and H. K. Schachman, Biochemistry, 11, 315 (1972). S. K. Arya, C. Guo, S. F. Josephs, and F. Wong-Staal, Science, 229, 69 (1985). J. Sodroski, R. Patarca, C. Rosen, F. Wong-Staal, and W. Haseltine, Science, 229, 74 (1985). C. A. Rosen, J. G. Sodroski, and W. A. Haseltine, Cell, 41, 813 (1986). S.-Y. Kao, A. F. Calman, P. A. Luciw, and B. M. Matija Perterlin, Nature (London), 330, 489 (1987). A. Aldovini, C. Debouck, M. B. Feinberg, M. Rosenberg, S. K. Arya, and F. Wong-Staal, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 83, 6672 (1986). A. D. Frankel, D. S. Bredt, and C. O. Pabo, Science, 240, 70 (1988). T. Blundell, G. Dodson, D. Hodgkin, and D. Mercola, Adv. Prot. Chem., 26, 279 (1972). D. Eisenberg and W. Kauzmann, The Structure and Properties of Water, Oxford University Press, New York, 1969. R. T. Myers, Inorg. Chem., 17, 952 (1978) and reference therein. S. H. Lin, Y. Konishi, M. E. Denton, and H. Scheraga, Biochemistry, 23, 5504 (1984). A. B. Blake and F. A. Cotton, Inorg. Chem., 2, 906 (1963). A. B. Blake and F. A. Cotton, Inorg. Chem., 3, 5 (1964). D. T. Corwin, Jr., R. Fikar, and S. A. Koch, Inorg. Chem., 26, 2079 (1987). R. H. Holm, A. Chakravorty, and L. J. Theriot, Inorg. Chem., 5, 625 (1966). R. W. Lane, J. A. Ibers, R. B. Frankel, G. C. Papaefthymiou, and R. H. Holm, J. Am. Chem. Soc, 99, 84 (1977). F. A. Cotton, D. M. L. Goodgame, and M. Goodgame, J. Am. Chem. Soc, 83, 4690 (1961). B. N. Figgis, Introduction to Ligand Fields, Interscience, New York, 1966. R. J. P. Williams, Endeavour New Ser., 8, 65 (1984). D. H. Hamer, Ann. Rev. Biochem., 55, 913 (1986). M. Karin, Cell, 41, 9 (1985). A. Bagg and J. B. Neilands, Biochemistry, 26, 5471 (1987). T. O'Halloran and C. Walsh, Science, 235, 211 (1987). C. Séguin and D. H. Hamer, Science, 235, 1383 (1987). M. W. Hentze, T. A. Rouault, S. W. Caughman, A. Dancis, J. B. Harford, and R. D. Klausner, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 84, 6730 (1987). Citing Literature Progress in Inorganic Chemistry, Volume 37 ReferencesRelatedInformation
Referência(s)