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Simulation du mouvement brownien d’une chaine macromoléculaire par la méthode de Monte-Carlo

1969; EDP Sciences; Volume: 66; Linguagem: Francês

10.1051/jcp/196966s21698

1878-7169

L. Monnerie, François Gény, J. de Fouquet,

Protein Interaction Studies and Fluorescence Analysis

La simulation dynamique du mouvement brownien d'une chaîne macromoléculaire construite dans un réseau tétraédrique, précédemment décrite ( 1 ) a été réalisée sur des chaînes de 38 liaisons dont les conformations initiales correspondaient soit à un état d'équilibre statistique, soit au contraire à des états particulièrement contractés ou dilatés. L'analyse de l'efficacité de la simulation révèle qu'environ 58 % des tirages ont une action sur la chaîne. L'étude des conformations locales de séquences de 3, 4 ou 5 liaisons internes de la chaîne met en évidence un enrichissement en conformations dilatées. Cet effet résulte de la prise en considération de la condition d'exclusion de volume et il se retrouve sur les dimensions moyennes de la chaîne. Le nombre moyen de tirages nécessaires pour la relaxation d'une chaîne a été évalué à environ 20 000. Enfin, les courbes expérimentales de la distribution des distances quadratiques entre les extrémités de la chaîne, après les corrections dues à la structure du réseau, semblent en assez bon accord avec une fonction proposée par DOMB ( 7 ).