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Artigo Produção Nacional
BIBTEX RIS

ESTUDO DO DOCKING MOLECULAR DA PROTEÍNA LIGADORA DE ODOR DO BICHO-DA-SEDA

2019; Grupo Verde de Agroecologia e Abelhas (GVAA); Volume: 9; Issue: 5 Linguagem: Português

ISSN

2358-2367

Autores

Neila da Silva Paschoal, Sérgio M. Vechi, Maria Jeane Vieira da Silva,

Tópico(s)

Insect Resistance and Genetics

Resumo

Em muitas especies de insetos, acredita-se que as proteinas ligadoras de odores (OBPs) sejam responsaveis pelo transporte de feromonios e outros semioquimicos atraves da linfa sensitiva ate os receptores olfativos (ORs) dentro das sensilas antenais. O presente trabalho teve como objetivo a utilizacao da tecnica de Docking Molecular para a obtencao de energias livres de ligacao entre o ligante natural e ligantes similares da proteina do BMori GOBP (Proteinas Ligadoras de Odores Gerais) ), 2WC5 (codigo PDB) obtida no Protein Data Bank. Os residuos da proteina, como moleculas de agua, magnesio e o ligante hexadeca-10,12-dien-1-ol, foram removidos pelo software Chimera 1.10.2. A proteina ligadora de odores gerais foram adicionados hidrogenios polares e foi construido o espaco de pesquisa baseado no ligante da proteina, no qual as coordenadas do sitio de ligacao foram determinadas utilizando o software AutoDock Tools. Tambem por meio do software AutoDock Tools foi convertido o formato do arquivo PDB para PDBQT. Com os softwares AutoDock Vina 1.1.2 e ArgusLab 4.0.1 foram realizadas simulacoes de re-docking, docking e cross-docking molecular do ligante hexadeca-10,12-dien-1-ol na proteina para obter o ranking das poses do ligante e a energia de afinidade de ligacao. Para a realizacao do docking e cross-docking, a escolha dos ligantes foi feita atraves da semelhanca da formula molecular estrutural no banco de dados The Pherobase. Portanto, foi possivel demonstrar que, para os ligantes propostos, as energias de ligacao proteina-ligante mais estaveis obtidas nos dockings, foram de ligantes que tinham estruturas ciclicas, entretanto a energia desses ligantes foram mais baixas do que o ligante original.

Referência(s)