Degenerate-bases: criação de bancos de dados a partir de oligonucleotídeos com bases degeneradas / Degenerate-bases: databases creation from oligonucleotides with degenerated bases
2021; Brazilian Journal of Development; Volume: 7; Issue: 12 Linguagem: Português
10.34117/bjdv7n12-290
ISSN2525-8761
AutoresPaulo Vinícius Castro Galvão, Whendel Mesquita do Nascimento, Roberto Alexandre Alves Barbosa Filho,
Tópico(s)Biopolymer Synthesis and Applications
ResumoNas últimas décadas, o uso de oligonucleotídeos desenhados pela Bioinformática tem aumentado consideravelmente devido à criação de novas tecnologias que fazem uso dessas moléculas. Dentro desse contexto, a utilização de oligonucleotídeos contendo bases degeneradas tem sido observada em variações da PCR, sequenciamento, na produção de sondas, aptâmeros entre outras moléculas. Diante desse cenário, torna-se necessária a criação de uma ferramenta capaz de gerar todas as possibilidades que uma sequência com bases degeneradas pode fornecer, tornando possível a criação de um banco de dados local para análises in silico. Este artigo descreve um software desenvolvido para analisar uma sequência de oligonucleotídeos contendo bases degeneradas e gerar, a partir dessa sequência, um arquivo com todas as sequências possíveis com as bases não degeneradas considerando a conversão das bases degeneradas em bases convencionais. O software obteve sucesso nos testes de validação com sequências de comprimentos variados, contendo bases convencionais e degeneradas, o que influencia diretamente o tempo de processamento.
Referência(s)