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ANÁLISE ESPAÇO-TEMPORAL DAS VARIANTES DE PREOCUPAÇÃO DO SARS-COV-2 NO MUNICÍPIO DE SÃO PAULO

2022; Elsevier BV; Volume: 26; Linguagem: Português

10.1016/j.bjid.2022.102591

1678-4391

Wesley Cota, Pâmela dos Santos Andrade, Raissa Heloísa de Araújo Eliodoro, Franciane Mendes de Oliveira, Secretaria Municipal da Saúde SP, Pedro S. Peixoto, Nuno R. Faria, Éster Cerdeira Sabino, Carlos Magno Castelo Branco Fortaleza,

COVID-19 epidemiological studies

O sequenciamento de genoma viral, projeções e visualizações por meio de modelos matemáticos, estatísticos e computacionais permitem acompanhar a disseminação de doenças infecciosas como a causada pela infecção pelo vírus SARS-CoV-2, a COVID-19. O monitoramento ativo e contínuo da evolução epidemiológica depende diretamente da vigilância atentando-se às variantes de preocupação, que podem ter maior transmissibilidade, virulência e letalidade que a linhagem original. Neste trabalho, apresentamos os resultados da genotipagem de amostras representativas distribuídas pelas Coordenadorias Regionais de Saúde do município de São Paulo. Os dados disponíveis para quase todo o ano de 2021 possuem informações como a data de coleta, data de primeiros sintomas, limiar Ct do exame de PCR, variante identificada e CEP do endereço de residência. Na posse desses dados é possível analisar o padrão espaço-temporal da evolução da disseminação da COVID-19 no município de São Paulo por diferentes variantes, com o objetivo de determinar as regiões de surgimento de variantes de preocupação e estimar os padrões de mobilidade que permitam o espalhamento dessas variantes para diferentes locais. Os dados das amostras recebidas pela Secretaria de Saúde do Município de São Paulo são processados e completados com os resultados do sequenciamento genético por meio da técnica de PCR, determinando a variante identificada em cada uma dessas amostras. Depois, os dados passam por uma filtragem e correções de entradas, como as datas disponíveis e os CEPs. Em seguida, coordenadas geográficas dentro do município de São Paulo são obtidas, e mapas são construídos para mostrar o espalhamento da doença pelo município e a dominância de uma variante sobre a outra. O espalhamento da doença é visualizado por meio de mapas dinâmicos que permitem acompanhar o surgimento de variantes como a Gamma e a Delta em certas regiões do município, espalhando-se e dominando todo o território depois de um tempo. Com isso, foram identificadas as áreas mais suscetíveis e correlacionadas com os padrões de mobilidade urbana. A vigilância da emergência e disseminação de variantes de preocupação permite a determinação de pontos chaves do comportamento viral e humano para determinar os locais mais suscetíveis a surtos e espalhamento de linhagens que são mais transmissíveis. Com isso, é possível estudar estratégias melhores para o combate não apenas da COVID-19, mas de outras doenças com padrões de transmissibilidade semelhantes. FAPESP. 2021/11953-5.