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eAutoDock - Aplicação WEB para cálculo de energia de ligação entre ligante e proteína

2024; Servicios Academicos Intercontinentales; Volume: 22; Issue: 10 Linguagem: Português

10.55905/oelv22n10-049

1696-8352

Eduardo Hernany Pantoja de Macedo, Fernando Loza Guariero, Crístian Paiva, Lucas Marques da Cunha, Fernando Berton Zanchi,

Biofuel production and bioconversion

Um dos ensaios in silico mais utilizados na prospecção de fármacos é o Virtual Screening por docking molecular. Nesta abordagem, os candidatos a fármacos são encaixados em regiões especificas da macromolécula, normalmente num sítio ativo ou de ligação de uma proteína. Independente do receptor ou das moléculas selecionadas, é necessário estabelecer uma métrica para dizer se a molécula será ou não uma candidata a fármaco. A métrica mais robusta é a energia de ligação, medida em kcal/mol ou kJ/mol, de um ligante muito bem encaixado no sítio de ligação. Esta energia é o limite para se selecionar novos candidatos. Apresentamos neste trabalho o eAutoDock, uma ferramenta Web capaz de calcular a energia de ligação de uma pequena molécula em sua posição origiral, sem movê-la ou transformá-la. O eAutoDock foi desenvolvido utilizando Python e Django, integrando ferramentas como Open Babel e MGLTools para a preparar e converter moléculas. O processo permite o upload de arquivos PDB e possuí função para definir automaticamente o grid de cálculo. Proteínas cristalizadas foram usadas como modelo para validar o sistema. Os resultados de redocking realizados com o AutoDock4 foram comparados com os cálculos automáticos do eAutoDock, demonstrando que o sistema consegue calcular a energia de ligação de forma precisa. O eAutoDock facilita o cálculo da energia de ligação sem a necessidade de docagem, tornando o processo mais rápido e automatizado, se mostrando precisa e prática, sendo útil para estudos de triagem virtual e docking molecular, contribuindo para a seleção eficiente de compostos candidatos a fármacos.